小腸與大腸為鄰，但小腸癌與大腸癌的表現有不少分別，例如大腸癌患者數目眾多，已經攀升至癌症殺手第二位，而且主要由瘜肉演化而成；但小腸癌並不常見，而且小腸癌並不一定由瘜肉發展出來，近年發現一種稱為GIST（gastrointestinal stromal tumor）的胃腸基質腫瘤，也會令小腸產生癌變。有別於一般的腸道腫瘤，基質腫瘤並不是由黏膜層生長出來的，而是源於一種生長在腸壁上的神經系統細胞，由腸壁的中層組織變化出來的。致病原因是身體一個名為C-Kit(CD117)的基因出現突變，中年人士患上GIST的機會率較高，而基質腫瘤除了於小腸生長外，也會在胃部及直腸位置出現。

由於胃腸基質腫瘤並非由飲食習慣或遺傳等因素引發，故此比大腸癌較難預防，所以當出現腹痛、腹部有硬塊、腸塞或大便帶血，便應盡快接受檢查，以及早治理。胃腸基質腫瘤的診斷一般可使用內窺鏡檢查，在腸壁取出腫瘤組織化驗，但生長於小腸的胃腸基質腫瘤則需要使用膠囊內視鏡，以連續拍攝小腸不同位置的情況，若果腫瘤大過兩厘米，亦可利用電腦掃描偵測出來。要判斷胃腸基質腫瘤是否屬於惡性，需視乎腫瘤的大小及生長速度；若體積少於五厘米通常是良性，接受手術割除後便會完全痊癒；若體積大於五厘米則可能是惡性，可以擴散至肝臟，令病情更加嚴重。近年，醫學研究出一種名為依麥替尼布(Imatinib) 的藥物，能特別有效針對基質腫瘤，可減低手術後的復發機會或在擴散的情況下控制病情。